W podanym kontekście zagłębienia to inaczej wgłobienia lub wpuklenia.

...dotrzonowe wpuklenia blaszek granicznych trzonów kręgów c6-7...
... oraz dotrzonowym wgłobieniem dolnej blaszki granicznej tego trzonu i zagęszczeniem struktury kostnej trzonu w odcinku dolnym...
http://tinyurl.com/9yccxq9

...blaszek granicznych trzonów kręgów z ich wpuklenie[m] dotrzonowym, prawdopodobnie o charakterze guzków Schmorla.
... dotrzonowe wpuklenia blaszek granicznych trzonów kręgów c6-7...
http://tinyurl.com/8nwh669

There is a small inferior end-plate herniation at L4...
www.proz.com/kudoz/4872947

An 'end-plate herniation' (aka: Schmorl's Node') has...
Significant end plate incompetence at the level to be treated (e.g., Schmorl's node or vertebral end plate herniation).
http://tinyurl.com/9yhb4wr

Schmorl's nodes or Schmorl's nodules are protrusions of the cartilage of the intervertebral disc through the vertebral body endplate and into the adjacent vertebra.
http://en.wikipedia.org/wiki/Schmorl's_nodes

--------------------------------------------------
Note added at 30 days (2012-10-31 16:05:55 GMT) Post-grading
--------------------------------------------------

Dziękuję.:) Nie wiem, dlaczego uznałem, że "herniation" jest rzeczownikiem niepoliczalnym - teraz widzę, że jest powszechnie używany w liczbie mnogiej: http://tinyurl.com/c7b23nj .