Glossary entry (derived from question below)
English term or phrase:
pipeline
Polish translation:
strumień przetwarzania danych
Added to glossary by
Frank Szmulowicz, Ph. D.
Aug 24, 2017 16:25
6 yrs ago
15 viewers *
English term
pipeline
English to Polish
Medical
Medical (general)
genetyka
Badanie genetyczne dziecka, u którego zdiagnozowano dystrofię mięśniową Duchenne'a.
Testing for CNVs by MLPA. High throughput DNA sequencing (NGS) using the DMD MASTR assay (Multiplicom), covering the coding region of the DMD gene. Run on MiSeq (Illumina). Data analysis using Sophia Genetics pipeline. Retesting for detected variants by Sanger sequencing.
Mam ochotę napisać po prostu "oprogramowanie Sohia Genetics". Ale może ma to znaczyć coś innego?
Testing for CNVs by MLPA. High throughput DNA sequencing (NGS) using the DMD MASTR assay (Multiplicom), covering the coding region of the DMD gene. Run on MiSeq (Illumina). Data analysis using Sophia Genetics pipeline. Retesting for detected variants by Sanger sequencing.
Mam ochotę napisać po prostu "oprogramowanie Sohia Genetics". Ale może ma to znaczyć coś innego?
Proposed translations
(Polish)
2 +1 | strumień przetwarzania danych | Frank Szmulowicz, Ph. D. |
References
bioinformatics pipeline | Frank Szmulowicz, Ph. D. |
Change log
Sep 4, 2017 10:56: Frank Szmulowicz, Ph. D. Created KOG entry
Proposed translations
+1
4 hrs
Selected
strumień przetwarzania danych
https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&url=http://...
--------------------------------------------------
Note added at 4 hrs (2017-08-24 20:54:44 GMT)
--------------------------------------------------
Miary uzupełnione są odpowiednimi funkcjami dokonującymi różnych rodzajów normalizacji
statystycznej profilu pokrycia – i tworzą strumień przetwarzania danych (ang.
pipeline).
--------------------------------------------------
Note added at 4 hrs (2017-08-24 20:54:44 GMT)
--------------------------------------------------
Miary uzupełnione są odpowiednimi funkcjami dokonującymi różnych rodzajów normalizacji
statystycznej profilu pokrycia – i tworzą strumień przetwarzania danych (ang.
pipeline).
Note from asker:
Czyli takie przetwarzanie danych, w którym wynik jednego etapu jest początkiem następnego? |
Peer comment(s):
agree |
Marcin Pustkowski
: Moim zdaniem to ma sens, pasuje do kontekstu i jest zgodne ze źródłami.
11 hrs
|
Dziękuję Marcinie. Starałem się znaleźć polskie wyrażenie zamiast kalki pipeline.
|
4 KudoZ points awarded for this answer.
Comment: "Jeszcze raz dziękuję. "
Reference comments
4 hrs
Reference:
bioinformatics pipeline
First, pipeline is not a bioinformatics term its actually a computer science term. It involves the chaining of processes/threads/functions etc. and the example John shows is an example of process threading. Commonly in bioinformatics we use Python (or another scripting language including UNIX shell) to create a pipeline in order to execute, then transform, then execute another program and so on. This chaining of programs allows a bioinformatician to start with one data type, say a FASTQ file obtained from next generation sequencing data (NGS) and end up with variant calling data. To do this a number of programs which analyze and translate the data must be executed.
If you’d like an example of a pipeline I’d recommending looking at GATK for a graphical representation of performing variant calling (SNPs & INDELs) take a look at
--------------------------------------------------
Note added at 4 hrs (2017-08-24 20:40:20 GMT)
--------------------------------------------------
https://www.quora.com/What-are-pipelines-in-Bioinformatics
If you’d like an example of a pipeline I’d recommending looking at GATK for a graphical representation of performing variant calling (SNPs & INDELs) take a look at
--------------------------------------------------
Note added at 4 hrs (2017-08-24 20:40:20 GMT)
--------------------------------------------------
https://www.quora.com/What-are-pipelines-in-Bioinformatics
Discussion